Студия Метрафильмс была создана в 2014 году как анимационная продюсерская компания и с этого времени вошла в группу компаний Метрафильмс.

Первым проектом Студии Метрафильмс стал анимационный сериал «Три кота» Дмитрия Высоцкого и Андрея Сикорского.

В 2019 году на рынок вышел второй бренд Студии Метрафильмс — сериал «Лекс и Плу. Космические таксисты» Алексея и Полины Минченок, производящийся также для СТС-Медиа.

В 2019 году одним из акционеров и стратегическим партнером Студии Метрафильмс стала Национальная Медиа Группа.